在夏季供冷期，冷却循环为敞开式系统，同时空气尘埃中有机物、微生物会带入水中，冷却水的温度很适合菌藻的生长，不断生长的藻类会形成生物粘泥，在管道中生产异养菌、铁细菌、销化细菌、硫酸盐还原菌等细菌的大量繁殖，造成管道内壁的腐蚀，产生铁锈皮的脱落，影响冷凝器的换热。
循环冷却水中还会生产军团菌等对人的身体造成伤害。循环水中的钙、镁离子会随着冷凝器换热时水温的升高生成水垢，附着在冷凝器钢管的内壁，形成致密水垢。水垢和污垢往往结合在一起，结垢和粘呢能引起或加重腐蚀，严重影响换热。
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